1. Hội đồng quản lý Quỹ
- Hội đồng quản lý Quỹ có sáu (06) thành viên : Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ là một lãnh đạo Bộ Kế hoạch và Đầu tư; năm ( 05) thành viên là lãnh đạo Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Cục Phát triển doanh nghiêp – Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Giám đốc Quỹ và Hiệp hội doanh nghiệp nhỏ và vừa Việt Nam. Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư quyết định bổ nhiệm Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ.
2. Ban Kiểm soát Quỹ
- Ban Kiểm soát Quỹ gồm có ba (03) thành viên gồm Trưởng ban và hai (02) thành viên.
3. Cơ quan Điều hành Quỹ
- Ban Giám đốc
- Các phòng ban thuộc Quỹ
+ Văn phòng;
+ Phòng Kế hoạch và Chính sách;
+ Phòng Giám sát và Quản trị rủi ro;
+ Phòng Nghiệp vụ Ủy thác;