1. Tiếp nhận, quản lý và sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước giao, nguồn vốn trong và ngoài nước theo quy định của pháp luật Việt Nam để tạo nguồn vốn hỗ trợ tài chính cho doanh nghiệp nhỏ và vừa.
2. Tiếp nhận, quản lý nguồn vốn tài trợ, viện trợ, vốn ủy thác, đóng góp từ các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước để phục vụ cho các hoạt động và thực hiện các hoạt động hỗ trợ phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa.
3. Cho vay đối với các doanh nghiệp nhỏ và vừa có nhu cầu vay vốn đáp ứng các điều kiện cho vay của Quỹ thông qua phương thức ủy thác cho Ngân hàng Phát triển Việt Nam hoặc các ngân hàng thương mại, thực hiện theo nguyên tắc các ngân hàng tự quyết định cho vay và chịu rủi ro tín dụng đối với các dự án cho vay.
4. Xây dựng Danh mục các lĩnh vực ưu tiên hỗ trợ và tiêu chí lựa chọn đối tượng ưu tiên hỗ trợ của Quỹ, trình Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành.
5. Xây dựng chiến lược phát triển, kế hoạch hoạt động 5 năm, kế hoạch hoạt động hàng năm của Quỹ trình Hội đồng quản lý quyết định.
6. Tổng hợp báo cáo và cung cấp thông tin về tình hình tài chính của Quỹ, tình hình thực hiện hỗ trợ các doanh nghiệp nhỏ và vừa thông qua hoạt động của Quỹ theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các cơ quan Nhà nước có thẩm quyền.
7. Đề xuất, kiến nghị việc xây dựng, thực hiện chính sách hỗ trợ phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa.
8. Quản lý tổ chức, nhân sự, nguồn vốn và tài sản được giao theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các quy định liên quan đến hoạt động của Quỹ.
9. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư giao.